המגילות הן לדעת רוב החוקרים תוצר של חברי כת יהודית מתבדלת מימי בית שני "כת היחד" שנוצרה בידי אדם בשם "מורה הצדק" כנראה בימי החשמונאים ושעמדה באופוזיציה מוחלטת הן לכוהנים בבית המקדש בירושלים והן לכת הפרושים שהם אבות התנאים עורכי המשנה. "מורה הצדק" נאבק במיוחד באדם שכונה במגילות "כוהן הרשע" (ואולי המנהיג החשמונאי יונתן) וכתוצאה הם פרשו למדבר יהודה והקימו שם מעין "מנזר" הראשון הידוע לנו אי פעם ושם אספו וכתבו את מגילותיהם ומגילות אלה השתמרו היטב באקלים החם של מדבר יהודה והם מאפשרים לנו להכיר היטב אותם ואת עולמם.
אך מי בדיוק היו אנשי כת היחד האלה? ההנחה המקובלת כיום (אם כי יש לה עוררים רבים) שהם היו חלק מכת האיסיים שעליה מספר יוסף בן מתתיהו שהייתה "ה"פילוסופיה השלישית" של עם ישראל ביחד עם הפרושים והצדוקים המוכרים לנו היטב והם החזיקו בפילוסופיה מוזרה ומיוחדת של התבדלות משאר האוכלוסייה היהודית ומשאר האנושות. יוסף בן מתתיהו שלמד זמן קצר מפי חברי הכת העריך אותם מאוד ותיאר אותם לקהל קוראיו היווניים והרומאים כמעין אסכולה פילוסופית נוסח יוון. ואכן ניתן לראות באיסיים כמי ששאפו ופעלו להקים אוטופיה עלי אדמות בדומה למייסדי הקיבוצים אלפי שנים אחריהם אך בצורה קיצונית לעין ארוך.
הם הקימו ישובים מתוכניים היטב ונבדלים באופן מוחלט משאר האוכלוסייה שבהם היה להם רכוש משותף וארוחות משותפות לוח שמש השתמשו בכתב סתרים מיוחד לרעיונות אזוטריים במיוחד ודברים נוספים מסוג זה שהיו חדשניים לזמנם.
מתי ואיפה בדיוק נוצרו האיסיים האלה? יש שחושבים שמוצאם בגלות בבל שם קיבלו השראה גם מדעות פרסיות ומסופוטמיות שונות והם הגיעו לארץ ישראל בימי החשמונאים ושם החלו להפיץ את תורתם. דעה מקובלת יותר היא שמקורם בארץ ישראל וכי מוצאם היה מחוגי הכהונה הצדוקית. היו אלה קבוצות של כוהנים שהסתכסכו עם הכת השלטת בכהונה ומשום כך החליטו לפרוש מבית המקדש ומהחברה היהודית. הם יצרו תורות חדשות שהיו שונות מאוד מהתורות המקובלות שלפיהן העולם כולו שרוי בחטא כתוצאה ממרד המלאכים המתואר בספר חנוך שהיה ספר קודש. זאת בניגוד לדעה הרשמית של הכוהנים "הצדוקים" בבית המקדש שראו את העולם כמקום טוב מטבעו מאחר שנברא בידי האל ובית המקדש והטקסים המבוצעים בו בידי הכוהנים ההם אלה שעוזרים לשמור על טוב וטהרת העולם.
האיסיים התייחסו בזלזול מוחלט לכהונה הרשמית שדחתה אותם ולטקסיה ולעם שתמך בה, אם כי היו קרובים אליה בכמה מדעותיהם. הם בוודאי היו קרובים לצדוקים הרבה יותר משנואי נפשם הגדולים ביותר הקבוצה הגדולה ביותר ביהדות, הפרושים, שאותם שנאו שנאת תופת.
האיסיים יצרו לעצמם לוח מיוחד המבוסס על השמש שהיה שונה מאוד מהלוח המקובל על כוהני בית המקדש. לוח שנמסר להם כביכול בידי מלאכים ותיאור מפורט שלו נמצא בספר חנוך האתיופי. נמצאו מגילות שלהם כמו "מגילת ירושלים" שבהם תיארו בפרטי פרטים כיצד צריכה ירושלים שלעתיד להיות בנויה, אחת היצירות האוטופיות הראשונות מסוג זה.
נראה שראשוני הנצרות הכירו אותם וככל הנראה יוחנן המטביל מורו של ישו היה אחד מהם. ד"ר ישראל קנוהל טען שמנהיג האיסיים בימי הורדוס, מנחם, ראה את עצמו כמשיח ונצלב וסיפור חייו שימש אחר כך כמודל לסיפור חיי ישו. והיו שטענו שהמפתח העמוק ביותר לסודות האיסיים נמצא דווקא במגילה המוזרה ביותר מכולן "מגילת הנחושת".
