מוזיאון זה מנציח את שני האירועים המכריעים בתולדות העם היהודי בעת החדשה, את השואה ואת התקומה. מדורי המוזיאון מוקדשים ליהדות אירופה מלפני השואה עד ההעפלה ולהתיישבות בנגב ובדרום. המוזיאון שהוקם לזכרם של חללי יד מרדכי, נחנך בשנת 1968. במוזיאון ישנו מדור המציג את הקהילה היהודית באירופה לפני עליית הנאצים לשלטון; חוקי נירנברג; כליאת היהודים בגטאות והחיים בהם, המרד בגטו ורשה והדרך האחרונה אל משרפות אושוויץ; ההתנגדות המזוינת של מאות פלוגות הפרטיזנים. קיר לזכר מיליון וחצי הילדים שנרצחו על ידי הנאצים והיהודים בכל שטחי הכיבוש הנאצי. מדור ההעפלה לארץ ישראל ועד עליית 11 הנקודות לנגב ב- 1946, הקרבות של קיבוצי הנגב והדרום נגד הפולש המצרי, ובמרכזם המערכה הקשה בקיבוץ יד מרדכי. ליד המוזיאון ישנה אנדרטה של מפקד גטו ורשה, מרדכי אנילביץ, וברקע מגדל המים שהופגז ע"י המצרים במערכה על יד מרדכי. הקרב על יד מרדכי שוחזר ב-1963 במקום שבו התחולל, במרחק 300 מ' מהמוזיאון. זהו אתר יחיד במינו בישראל. סמוך למוזיאון נמצא בית הספר להוראת השואה המיועד לתלמידי תיכון. נערכות בו גם הכנות לקבוצות ולמשלחות היוצאות לפולין.
.jpg)
