על רוב החוקרים מקובל שהמגילות הן תוצר של כת האיסיים שעליה מספר יוסף בן מתתיהו ששהו במדבר יהודה. אך על זיהוי זה קיימים גם חולקים רבים. החוקר השנוי במחלוקת ג'ון אלגרו היה אחד מחוקרי המגילה הראשונים פתח את "תיבת הפנדורה" לגבי המגילות. הוא טען בעקשנות שהן מוכיחות שישו הנוצרי לא התקיים מעולם ולא היה אלא השתקפות שגויה של מנהיג הכת "מורה הצדק". אלגרו טען בספר מאוחר יותר שהמגילות מוכיחות שהיהדות והנצרות מבוססות על אמונה קדומה שהתבססה על הזיות של סמים שהם המקור לרוב סיפורי התנ"ך והברית החדשה. ספריו בנושא של אלגרו עוררו שערורייה בין עמיתיו הוא נאלץ להתפטר ממשרתו והפך למנודה בעולם האקדמאי. הוא היה ראשון שטען כנגד "הפירוש האורתודוכסי" של המגילות. אבל בהחלט לא האחרון.
ב-1991 יצא ספר של המחברים מיכאל ביגה וריצ'רד לי שטען שקיימת קונספירציה אפלה של חוקרי המגילות ביחד עם הוותיקן ועם ממשלת ישראל להסתיר מפני החוקרים והציבור מגילות גנוזות שעלולות להציג את מקור הנצרות באופן שונה מהמקובל ולמעשה בדומה לדרך שאותה הציגו ביגה ולי. צמד הכותבים הנ"ל כבר זכו לפרסום רב כאשר כתבו ספרים רבי מכר שבהם טענו בין השאר כי לישו הנוצרי היו ילדים מהזונה שליוותה אותו מרים המגדלית, וכי אלה הפכו לאבות שושלת המלכים המרובנינגית הקדומה ששלטה בצרפת בימי הביניים המוקדמים. הכותבים האלה סיפרו כי יש ארגון קדום שמנסה מזה אלף שנה להחזיר את אותה שושלת שנפלה בידי אבותיו של המלך המפורסם קרל הגדול לכס השלטון בצרפת ולהעמידם בראש אירופה המאוחדת. תיאוריה שהפכה כבסיס לספר רב המכר הענק "צופן דה וינצ'י" של דן בראון. להמשך...
